O reino de Portugal teve início em 5 de Outubro de 1143, com a celebração do tratado de Zamora, entre D. Afonso Henriques (1109? – 1185) e o rei Afonso VII de Leão, que era seu primo. Mas o primeiro rei português já se autointitulava rei desde 1140. A primeira capital do reino foi Coimbra, onde D. Afonso Henriques morreu e está sepultado.
Como era a Astronomia no tempo de D. Afonso Henriques? Em 1090, muito antes da nacionalidade, o bispo moçárabe de Coimbra, D. Paterno, doou dois astrolábios à Sé que dirigia. Esse acto mostra a existência de saber científico na primeira capital portuguesa, antes de haver reino e muito antes de haver Universidade (esta só surgiu em 1290 em Lisboa, tendo ocorrido uma primeira transferência para Coimbra em 1308). Moçárabes eram cristãos ibéricos que viviam sob o governo muçulmano do Al-Andaluz: eram cristãos que falavam árabe e de cultura árabe. Muito provavelmente, existia uma escola moçárabe associada a essa Sé de Coimbra, onde, entre outras matérias, se ensinariam elementos de astronomia. Coimbra foi conquistada pelos cristãos em 1064 por Fernando I de Leão, o Magno, tendo em 1096 sido integrada no Condado Portucalense.
O astrolábio, um instrumento que serve para medir a altura dos astros, é uma invenção grega que foi aperfeiçoada pelos árabes. Estes reinavam na ciência na época em que D. Afonso Henriques criou o reino de Portugal. No século XI brilharam os astrónomos Abu Buzjani, Avicena, Al Biruni e Alhazém, todos eles activos no Médio oriente, onde são hoje o Irão e o Iraque. E, no século XI, pontificou Averróis, grande comentador de Aristóteles nascido em Córdoba. Toledo era um dos centros da ciência árabe: com a sua reconquista em 1085 por Afonso VI de Leão, o saber árabe começou a passar para os cristãos. Um dos maiores tradutores de livros árabes para latim foi Gerardo de Cremona, um sábio contemporâneo da fundação da nacionalidade portuguesa que, embora nascido em Itália, trabalhou em Toledo durante muitos anos. A sua obra maior é a tradução do árabe do Almagesto, que tinha sido primitivamente escrito em grego por Ptolomeu de Alexandria no século II. Nesse livro descreve-se o sistema geocêntrico, que dominou durante toda a Idade Média, pois só começou a dar lugar ao sistema heliocêntrico em 1543 quando veio a lume o famoso livro de Copérnico.
Na Coimbra cristã o saber esteve muito ligado ao mosteiro de Santa Cruz, que foi fundado em 1131, ainda antes da nacionalidade, pela Ordem dos Cónegos Regrantes de Santo Agostinho. Aí existiu uma importante biblioteca (em boa parte hoje na Biblioteca Pública do Porto, levada por Alexandre Herculano no século XIX), com obras de astronomia, tal como na Sé de Coimbra e noutras instituições eclesiais. Por exemplo, no Mosteiro de Alcobaça existia o Tratado da Esfera(1271), do inglês João de Sacrobosco, que foi uma obra de referência sobre astronomia até muito tarde. Uma obra notável que, não sendo de astronomia, inclui representações da Lua e das estrelas é o Apocalipse do Lorvão, manuscrito iluminado de 1189 (do tempo de D. Sancho I), existente no Mosteiro do Lorvão, perto de Coimbra, A Lua e as estrelas encontram-se também representadas nalgumas moedas da primeira dinastia.
Os planetas conhecidos na Idade Média eram, além da Terra, Mercúrio, Vénus, Marte, Júpiter e Saturno. Então, esses planetas eram chamados estrelas, apesar de serem móveis, ao contrário das estrelas fixas. Não havia a noção de cometa, mas sabe-se hoje que o Halley passou pela Terra em 1145, no reinado de Afonso Henriques. Em 1147, antes da tomada de Santarém aos muçulmanos por D. Afonso Henriques foi observado um outro cometa. Segundo Duarte Galvão, autor da Crónica del-Rei D. Afonso Henriques, escrita no início do século XVI, os guerreiros viram «uma espécie de touro indo pelo Céu, levando comas de fogo, desde a cabeça até à ponta da cauda». A mesma descrição é corroborada pela Crónica de Portugalde 1419, de autor anónimo, que chama ao cometa “serpente” em vez de “touro”. Três dias antes do cometa foi observado pelos mesmos guerreiros o que hoje se chama um meteoro, ou “estrela cadente”. O meteorito foi considerado pelos portugueses um presságio do céu que lhes era favorável. Facto é que D. Afonso Henriques, ido de Coimbra, conquistou Santarém em 15 de Março de 1147. Eventos astronómicos como esse causavam espanto e terror, mas havia outros: por exemplo, um dos primeiros eclipses observados no reino português ocorreu em 1199, no reinado de D. Sancho I, quando a Lua tapou totalmente o Sol causou pânico na população.
Na Idade Média a astronomia confundia-se com a astrologia, embora a Igreja sempre tenha combatido os prognósticos feitos em nome do determinismo, em favor do livre-arbítrio. Vários primeiros reis portugueses da primeira dinastia serviam-se de conselhos de astrólogos. Mas o rei D. Duarte, no seu Leal Conselheiro, criticou esse procedimento.
Em conclusão: a Astronomia em Portugal é bem mais antiga do que os Descobrimentos, quando surgiu o astrolábio náutico e se começaram a fazer cartas marítimas baseadas em observações astronómicas e geográficas.